En el inicio de la implementación del PNIS no se abordaron los retos de implementación en casos de traslape de las diferentes figuras del ordenamiento territorial. La zonificación del territorio en Colombia supone una serie de lineamientos orientados al ordenamiento y gestión del uso del suelo en las Zonas de Reserva Forestal (ZRF). En función del tipo de zonificación son permitidas diferentes actividades productivas que, en cualquier caso, deben alinearse con la vocación de conservación de los ecosistemas en estas zonas. Para el caso de los Parques Nacionales esto es aún más restrictivo y complejo (Ver FIP 2020 & 2021). Estos requerimientos dificultan la definición y consecución de alternativas viables de sustitución de cultivos de uso ilícito, algo que no quedó estipulado en los acuerdos iniciales con los beneficiarios PNIS. En los resguardos indígenas y consejos comunitarios debe hacerse consulta previa y articularse con los planes de vida dado el reconocimiento de los derechos a gobierno propio y autonomía territorial para las poblaciones étnicas.